污水中的磷主要以有机磷、无机磷的状态存在。无机磷主要以各种磷酸盐存在，而有机磷则大多以胶体和颗粒状存在，不溶于水。对有机磷的处理一般是先将其转化为磷酸盐，而无机磷最常见的处理方法则是我们前面一直在介绍的除磷药剂除磷了。
化学除磷药剂除磷，主要是利用可溶性磷及易与水中Ca2+、Fe3+ 、Al3+ 等离子生成难溶性沉淀物，例如AIPO4、FePO4等，沉积于水体底部成为底泥。即利用钙盐、铁盐、铝盐等作为除磷剂与之发生化学反应生成不溶物形成底泥沉淀物，这些沉积物需要及时排泥。若堆积太久，沉积物中的磷通过颗粒态磷的悬浮和水流的湍流扩散再度被稀释到上层水体中，或者当沉积物中的可溶性磷大大超过水体中磷的浓度时，则可能重新释放到水体中。
污水中不同形态的磷，都是先转化为正磷酸盐，再转化为其他形式，(一般来说次亚磷的处理需要经过：次亚磷⇒亚磷⇒正磷。)这也是为什么在处理次亚磷废水时，都是先将其强氧化为正磷，再通过处理正磷，达到除磷目的。
次亚磷废水处理难度大，使用强氧化药剂投加量大，成本高，可考虑电芬顿处理。
此外，很多污水中磷的形态不是只以一种形式存在的，可能同时含有正磷、有机磷、次亚磷，只是所含浓度不一样，其处理方法上也会有所区别。对于另一种常用的除磷方法-生化除磷法则需要注意先对原水的可生化性进行评估。
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