养殖废水存在高浓度磷、COD、氨氮等污染物，其可生化性强，相对其他污水处理难度不高。但由于大部分养殖水系统会参与养殖生物水循环，不能随意投加化学药剂，否则会影响水中鱼、虾、蟹等生物的正常生长，甚至出现大量死亡，在处理上多采用微生物法。而养殖尾水是不参与养殖生物水循环的，一般示需要考虑过多对水生生物的影响。其处理后主要排入下游污水站。
养殖尾水常用处理方法
普通除磷剂处理养殖尾水没问题，但对于养殖废水，则更多建议使用生化+物化处理。生化除磷的过程主要是通过好氧、厌氧或兼性菌吸附大量养殖废水中磷，一般以聚磷菌为主，并以聚磷酸盐的形式储存起来，并这一过程中有机磷进行转化，同时会以正磷酸盐的方式释放出一部分磷，而它吸收的量大于其释放的量，因此水中的磷含量得到大大的降低，而微生物也得已维持新陈代谢。再通过将水中的污泥养殖废水除磷剂除磷排出系统，同时将摄入磷的微生物一起带走，即起到除磷的效果。
对于养殖尾水除磷，由于存在大量有机磷与偏磷，而化学除磷剂一般只对正磷酸盐起作用，因此，同样会先采用生化+化学处理，典型的处理工艺有：沼气池+缺氧池+生物接触氧化池+沉淀池+水生生物氧化沟+消毒出水。
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