养殖废水废水中典型的污染物为氮、氨、磷、有机物，容易导致水体环境失衡。水体中的溶解氧下降，氨、氮、亚硝酸盐等物质增加，从而滋生大量细菌、微生物，以及造成水体富营养化。在养殖废水处理中主要有以下三种方法：
1.物理法
通过物理法，如筛滤、格栅、重力沉降等将水中的不溶性悬浮物及漂浮物从水体中隔离出来。
2.生物法
利用微生物新陈代谢过程中所带来的物质转化，将污水中的各种复杂性有机物氧化降解为简单的物质。常见的养殖废水生化处理有脱氮除磷、COD生化降解等。
生化除磷是好氧菌在一定条件下将有机磷、偏磷进行硝化分解，一部分磷被微生物吸收后随着活性污泥排出，另一部分被分解为正磷小分子，在后续化学除磷剂进行深度除磷处理。
生化脱氮则是利用硝化菌、反硝化菌在一定条件下将水中的氨氮、总氮分解为氨气及其他形式产物。
3.化学法
化学法则是通过投加化学药剂，与水中的污染物发生化学反应，通过固液分离达到去除污染物的目的。化学药剂主要有除磷剂、氨氮去除剂等。化学法除磷具有反应速度快，除磷率高，基本上经化学除磷后废水可达到排放标准，甚至低到排放标准。
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