在污水处理中，城镇污水是属于典型的易生化降解废水，里头有很多适合微生物吃的东西，生化友好性强。因此其在除磷处理上，通常采用的是厌氧+好氧工艺，基本上只有在后端进行深度除磷才会投加除磷药剂。
厌氧+好氧工艺，可使聚磷菌交替处于厌氧和好氧状态，实现磷酸盐的释放和吸收，并通过排放剩余污泥将水中的磷排出。而化学除磷剂主要利用混凝、沉淀、过滤等方式形成不溶性的固体沉淀物，用于辅助除磷，进一步提高除磷效果。
容易使生化除磷超标的几个因素
1.污泥负荷与污泥泥龄
微生物除磷对F/M和SRT都有一定要求，通常F/M为0.4～0.7kgBOD5/kgMLSS×d，SRT为3.5～7d。但是，SRT也不能太低，必须以保证BOD5的有效去除为前提。
2.BOD/TP
聚磷菌属于异养型微生物，需要摄入易降解有机物作为其新陈代谢所需，但由于我国城镇污水特性，大部分污水厂都存在碳源偏低，不能完全满足微生物脱氮、除磷需要，因此，需要投加外来碳源，一般要求进入厌氧区的污水中BOD5/TP大于20。
3.溶解氧
在聚磷菌交替聚磷、释磷过程中，要求厌氧区溶解氧低于0.2mg/L,而好氧区溶解氧需满足2.0mg/L以上。
4.回流比
过多聚磷菌在二沉池内遇到厌氧环境会发生释磷反应，提高二沉池出水磷超标风险，因此，厌氧-好氧除磷系统中， 回流比不宜过低。而在保证快速排泥的前提下，应尽量降低回流比，以免缩短污泥在厌氧区的实际停留时间，影响磷的释放。
在厌氧-好氧除磷系统中，若污泥沉降性能良好，则回流比在50～70%范围内，即可保证快速排泥。
5.水力停留时间
在微生物除磷反应中，污水在好氧区的停留时间一般在4-6h，以保证磷的充分吸收。而在厌氧区的水力停留时间一般在1.5～2.0h的范围内。
6.pH
低pH有利于磷的释放，高pH有利于磷的吸收，而除磷效果是磷释放和吸收的综合。因此在生物除磷系统中，宜将混合液的pH控制在6.5～8.0的范围内。
化学除磷药剂主要用于后端深度除磷，特别是对于出水总磷提标，超出原污水处理系统处理能力，就会通过投加化学除磷剂进行深度除磷，需要注意对除磷的选择。
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