水中磷超标会引起水体富营养化，因此，除了污水除磷外，常见的还有江河、湖泊、水库及养殖场等。有别于污水除磷，地表水除磷基本是进行水体深度除磷，外加底泥除磷。
江河、湖泊、水库等具有一定的自净能力，但如果过多污水排入导致磷严重超标，超标其自净能力饱和度，则会造成磷超标，大量污水流入甚至会出现江河、湖泊失去自净能力的现象，从而使水体严重富营养化，藻类大量爆发，影响水中生物生长及水资源利用。
目前围绕河道、湖泊、水库深度除磷以及污水处理厂尾水提标是国家“十四五”重点工作。市面上普通除磷剂对污水除磷有效，对江河水除磷就不一定能起到预期效果了。其主要原因是这些水属于流动水，药剂投加量大且易分散，会大大降低使用效果，其次，普通混凝除磷剂使用后沉降在底部，但仍存在水中，且大量使用是否有副作用仍需进一步分析。而微生物除磷见效慢，水流速度快，微生物容易随着流失，不能聚集一起，发挥更好的除磷效果。对此，是否又可通过什么方法进行处理呢。我们静待后续更多地表水处理的探究。
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