磷肥废水主要来源于磷肥生产加工过程中，以酸性废水为主，除含磷量高外，还含有氟化物砷等对环境污染性大的污染物。（天然磷肥，如动物粪便、兽鱼骨粉等则可作为微生物磷肥补充剂）
磷肥废水常用处理工艺
1.调节pH值,由于废水酸性强，一般先采用两级石灰中和处理。
一方面石灰具有调高污水pH值作用，另一方面石灰还能与水中的氟化物等发生反应，生成氟化钙沉淀。有实现证明，当pH值达到6～7时，氟含量为35～60mg/l，随后再投加Ca(OH)提高pH值时氟含量反而增加，当pH值达到9左右时，废水中氟含量为100mg/l左右，接着再提高pH值时，氟含量继续下降。在混合池中加入石灰乳和碱液调节至pH>12，生成难溶物质氟磷灰石CaF(PO4)3。混合池中加入硫酸铝溶液，生成的AlF3和Al(OH)F2均为难溶物，使水中的氟含量进一步降低。
2.投加除磷剂和絮凝剂
单独使用石灰对磷肥废水处理效果慢且难以达标。还需要在二沉池前投加除磷剂、絮凝剂，生成对水中磷酸根、氟离子具有强吸附作用水解产物，其混凝后生成的大颗粒絮体在二沉池中沉淀后可进一步除磷、除氟。二沉池出水外排时再加酸反调pH值至6~9，上清液中的氢氧化钙与酸反应生成强电解质氯化钙，电离出大量的钙离子，与氟化钙产生同离子效应，会进一步降低出水中的氟化钙含量。二阶中和反应出水加酸反调后，出水氟含量降至10mg•L-1以下，磷含量降至10mg•L-1以下，出水水质达到排放标准的要求。
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